Nació en Santander. Compositor y productor prolífico ha sabido también desarrollar una estimable trayectoria como intérprete de jazz. Sus estudios musicales los inicia en el conservatorio de su ciudad natal. Muy pronto, hacia 1960, forma su primer cuarteto de jazz con músicos aficionados de Cantabria. En 1963 se trasladó a Madrid donde va a completar su formación musical dándose a conocer en diferentes clubes de jazz. En este periodo formó una "Big Band" y acompañó a personalidades de relieve dentro del jazz internacional, entre ellas Carmen Mac Rae, Donald Byrd, Stephan Grapelli o Donna Hightower.

    Graba su primer disco de jazz para Columbia. Se trataba de su primera experiencia discográfica. Pero será en 1968 cuando logre una mayor repercusión con un trabajo titulado "Juan Carlos Calderón presenta a Juan Carlos Calderón" que logra el Premio Ondas. Ese mismo año tiene su primera colaboración discográfica con Joan Manuel Serrat, encargándose de los arreglos del eurovisivo "La, la, la" que finalmente interpretaría Massiel tras la renuncia del cantautor catalán.

    De Serrat también arreglará algunas de sus primeras canciones en castellano, como "El titiritero", "Poema de amor" o "Mis gaviotas". También son suyos los arreglos de las versiones que salieron en single de los temas "Manuel" y "Poco antes que den las diez", que contienen diferencias significativas a las que se editaron en el LP "La paloma", que fueron arregladas por Ricard Miralles.

    En ese mismo año de 1968, Juan Carlos Calderón arregla el primer disco de Luis Eduardo Aute titulado "Diálogos de Rodrigo y Jimena". A partir de aquí compondrá y producirá discos para diversos artistas españoles, entre ellos Ana Belén, Cecilia, Mari Trini, Massiel, Camilo Sesto, Nino Bravo y Mocedades. Para Nino Bravo, por ejemplo compone "Cartas amarillas", uno de sus temas más populares, y arregla y dirige la versión de "Libre" y de "América, América". Y para Cecilia arregla gran número de canciones, participando directamente en su disco homenaje titulado "Desde que tú te has ido".

    En 1969 actúa en el Palau de la Música de Barcelona con el Jazz Tet de Madrid, una banda de 17 músicos, entre los que destacaba Pedro Iturralde como solista. En este festival coincidió con Duke Ellington. Tras el éxito de esta actuación grabó junto a su banda un brillante álbum titulado "Bloque 6" que ha quedado como una de sus propuestas más estimulantes y atrevidas en el universo del jazz. Con esta grabación logró el premio al mejor disco de jazz extranjero en Estados Unidos. No sería el único reconocimiento que aquel país le tributaría.

    A finales de 1971 se graba en Milán el disco de Serrat "Mediterráneo". En este disco la colaboración de Juan Carlos Calderón es clave. Se encarga de la dirección musical del mismo junto a Gian Piero Reverberi y firma los arreglos junto a Antoni Ros-Marbà y el propio Gian Piero Reverberi. Los resultados son extraordinarios y musicalmente confieren a la obra de Serrat una nueva dimensión, con una destacable influencia musical de Latinoamérica. Los arreglos y la dirección musical son brillantes y oscilan entre lo épico de "Vencidos", "Pueblo blanco" o "Vagabundear" y lo lírico de canciones como "Barquito de papel", "Aquellas pequeñas cosas" o "Lucía", todas ellas con una riqueza melódica incuestionable.

    En 1972 el afán de búsqueda de nuevos horizontes le lleva a embarcarse en un proyecto teatral titulado "América negra" en el que mezclaba interpretación escénica con música. El armazón de este espectáculo lo constituían textos prohibidos en Estados Unidos durante la época de Martin Luther King. En este ambicioso proyecto escénico participaban un actor, una orquesta de jazz y el grupo Mocedades, muy vinculado durante toda su trayectoria a Juan Carlos Calderón. Mocedades se encargaba de interpretar espirituales negros de difícil tesitura que tenían arreglos del propio Calderón.

    En 1973 Mocedades consigue el segundo premio en el Festival de Eurovisión con la canción "Eres tú", compuesta por Juan Carlos Calderón. Un año después "Eres tú" entra en las listas americanas. Lo mismo haría Juan Carlos Calderón en 1982 con el tema "Route 101", compuesto para Herb Alpert, y con el que logra el número 1 de las listas de jazz en los Estados Unidos. La exitosa experiencia eurovisiva que tiene con Mocedades le llevará a repetir tres veces en este festival. La primera en 1975 con Sergio y Estíbaliz y la canción "Tú volverás". Diez años después con Paloma San Basilio y el tema "La fiesta terminó". Y en 1989 con Nina y la canción "Nacida para amar". En ningún caso repetiría los logros de "Eres tú".

    En 1975 logra el premio en la OTI con la canción "Amor a medianoche" interpretada por Cecilia. Un año después volverá a este festival con el grupo Trigo Limpio y el tema "Rómpeme, mátame". "Amor de medianoche" y "Eres tú" se han convertido en dos de las composiciones más celebradas de Juan Carlos Calderón.

    En 1978 graba un disco titulado "Soleá" en el que fusiona el flamenco y el jazz, contando con la colaboración del genial cantaor granadino Enrique Morente.

    En 1981 fija su residencia en Los Ángeles en donde cada vez se diluye más su interesante faceta de intérprete de jazz y resalta más su labor de productor y compositor al servicio de otros. Esto le permite componer y arreglar canciones de artistas latinoamericanos y estadounidenses. Entre ellos, Luis Miguel, Simone, Martika o Sheena Easton.

    Juan Carlos Calderón ha recibido a lo largo de su carrera diversos premios internacionales, así como varios discos de oro y platino. También se ha interesado por el mundo del cine y ha puesto música a diversas películas, entre ellas algunas de Pedro Masó como "Las adolescentes" (1975), "La miel" (1979) y "La familia, bien, gracias" (1979). También puso música a la película "Carola de día, Carola de noche" interpretada por Marisol y dirigida en 1969 por Jaime de Armiñán.